Symptome durch Kohlehydratmalabsorption (am bekanntesten sind die Laktosemalabsorption und die inkomplette Fruktoseabsorption) gehören zu den häufigsten gastrointestinalen Erkrankungen. So liegt beispielsweise die Prävalenz der Laktosemalabsorption im Süden Österreichs bei 20%. Seltenere Ursachen sind Erkrankungen des Pankreas oder des Dünndarms die in einer Malabsorption oder Maldigestion resultieren. Kohlehydrate erreichen aber auch bei gesunden Verdauungsprozessen (Dünndarm und Pankreas) das Kolon, wenn diese Kohlehydrate physiologischerweise inkomplett verdaut werden, wie es für Stärkeprodukte, Ballaststoffe oder Zuckeralkohole der Fall ist.
Schließlich gibt es Therapieformen, die eine Kohlehydratmalabsorption induzieren, wie z.B. die Verabreichung von Metformin oder Acarbose in der Behandlung des Diabetes mellitus, sowie die Verabreichung von Laktulose. Symptome entstehen durch den bakteriellen Abbau der malabsorbierten Kohlehydrate im Kolon zu kurzkettigen Fettsäuren und Gasen, und umfassen Blähungen, Bauchschmerzen und Durchfall. Überschneidungen mit dem Reizdarmsyndrom und mit chronisch entzündlichen Darmerkrankungen sind bekannt.
